Japão, 1988. Uma explosão causada por um garoto com poderes psíquicos rasga a cidade de Tóquio e acende o pavio que leva à Terceira Guerra Mundial. A fim de evitar mais destruição, ele é capturado e levado em custódia, para nunca mais ser ouvido. Agora, no ano de 2019, uma versão restaurada da cidade conhecida como Neo-Tóquio - uma área repleta de violência de gangues e terrorismo contra o atual governo - está em seu lugar. Aqui, Shoutarou Kaneda lidera "as cápsulas", um grupo de desajustados conhecido por andar em grandes motos personalizadas e estar em constante conflito com seus rivais "os palhaços". Durante uma dessas batalhas, o melhor amigo de Shoutarou, Tetsuo Shima, é pego em um acidente com um esper que se encontra nas ruas de Tóquio depois de escapar do confinamento de uma instituição governamental. Através desse encontro, Tetsuo começa a desenvolver suas próprias habilidades misteriosas, à medida que o governo procura colocar em quarentena esse último médium em uma tentativa desesperada de impedi-lo de liberar o poder destrutivo que mais uma vez poderia derrubar a cidade.